咖啡果採摘之後，咖啡豆必須儘快從咖啡果中剝離出來，處理的方法一般有以下幾種：

水洗法，即咖啡果實變紅馬上摘下，以機器除去硬果皮，黏稠的漿果曝露出來，再丟進池中發酵，約一兩天時間，細菌會喫掉附在種籽上的大部分果肉。整個發酵過程需由老師傅監控，過猶不及，都會破壞咖啡豆的品質。發酵去除漿果完成後，再以清水沖洗附在種籽上的殘餘果肉。

接着是乾燥過程，最好是鋪地上讓太陽曬乾，風味較佳，但如果遇到下雨也可以機器來烘乾，其溫度要控制好。乾燥後再進行磨光。

一般而言，水洗豆偏藍綠色，豆相美觀，具有清澈明亮的果酸味，瓜地馬拉、哥倫比亞、藍山、可那、肯亞、爪哇和巴拿馬咖啡豆均屬水洗豆。拉丁美洲除了巴西外皆採用水洗法。

這種處理過程需要較多資金和精力的投入，成本較高，但有助於保證咖啡豆質量，減少損失。

還 有一種是半水洗法。第一步和水洗法相同，果實轉紅就摘下，但不丟進發酵池，改用機器除去果皮，再把漿果鋪曬在地上，乾燥後再潤溼，並以特殊機器磨掉乾果 肉，取出種籽。印尼的曼特寧大部分採用半水洗法。巴西近年也使用半水洗法，它是全球唯一兼具日曬、水洗及半水洗這三種處理法的產國。

日曬法則是採取紅色的果實直接曬乾再強制去皮脫殼。此法豆子常有缺損，不美觀。日曬豆的豆子常見異物或石頭。此法處理後的豆子風味較龐雜，有太陽的味道，果香味特濃，稠度優於水洗法但是豆相不佳。一般的巴西豆還有曼特寧及摩卡就屬典型的日曬處理的豆子。