1696年，當時荷蘭駐印度Malabar的總督將一批咖啡苗送給荷蘭駐巴達維亞batavia（今雅加達Jarkata）的總督，這是印尼首次種植咖啡。不過，這第一批咖啡苗被洪水沖毀。1699年，巴達維亞再次接受饋贈，這一次，咖啡苗順利成活下來，並在1701年迎來第一次收穫，開啓了印尼的咖啡之旅。
最初，咖啡種植於雅加達及附近區域，後來，種植區域逐漸擴大到爪哇中部及東部，蘇拉威西島、蘇門答臘島、巴厘島也開始種植。與此同時，在印尼東部，當時隸屬葡萄牙領地的弗洛勒斯島Flores及帝汶島Timor也有咖啡種植，只是咖啡苗的源頭不同。
1711年印尼咖啡就開始供應歐洲市場，彼時，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一個大規模種植咖啡的國家。18世紀80年代成爲當時世界最大咖啡出口地。Java咖啡的聲名始於此。
印尼咖啡的繁榮的未能持續，18世紀末咖啡生產受到致命打擊，最初發現於西爪哇的葉鏽病迅速蔓延，摧毀了印尼的阿拉比卡咖啡莊園。咖啡貿易的首領地位被美洲產國取代。不過，值得一提到是，這場葉鏽病災難並沒有禍及東部印尼產區，即弗洛勒斯島和帝汶，現今，帝汶的某些咖啡樹，其基因可以追溯到16、17世紀。
根據ICO數據，2013年，印尼咖啡產量居世界第三位，雖然80%都是羅布斯塔 最具傳奇風味的產區，知名咖啡標識包括曼特寧Mandheling, 林東Lintong，加尤山Gayo Mountain。
蘇門答臘島，舊稱“金島 ”、“金洲”，因富含黃金礦藏知名。
蘇門答臘島地形狹長，島上地形主要是由西北至東南方向縱觀全島的巴里散山脈Barisan Mountains及東部低地。山脈綿延，擁有90多座火山和衆多火山湖，火山提供了適宜咖啡生長的肥沃的土壤。爲熱帶雨林氣候，終年高溫多雨。
蘇門答臘島是印尼咖啡的最大產地，知名咖啡的種植區主要集中在北部山地，包括最北端的亞齊省Aceh，北蘇門答臘省Sumatera Utara。包括知名的曼特寧Mandheling, 林東Lintong，加尤山Gayo Mountain。
Mandheling咖啡的命名，據說來自當地生活的民族，mandailing，產區多指向多巴湖北部山地，具體產區待查證。
Lintong咖啡，產自北蘇門答臘省、蘇門答臘島最大火山湖多巴湖Lake Toba周邊山麓，名稱來自多巴湖西南名爲lintong的小鎮。
Gayo mountain咖啡，產自亞齊省塔肯貢Takengon及塔瓦湖Lake Tawar周邊山地。
棉蘭Medan與巴東Padang是與咖啡涉及的重要城市，二者分別是北蘇門答臘省、西蘇門答臘省省府，也是蘇門答臘島人口最稠密的地區，前者爲蘇門答臘咖啡出口的重要集散地，後者則是周邊亦有知名咖啡產出，如Ankola。
蘇門答臘島所產咖啡包括阿拉比卡和羅布斯塔，通常在山地的高海拔區域種植阿拉比卡，而低地則種植羅布斯塔。咖啡處理方式以傳統的“溼刨法”著名，Giling Basah，wet-hulled，特殊的處理方式部分源自當地的潮溼氣候。
3.蘇拉威西島Sulawesi Coffee
最著名的是托拉加，或託拿加，Toraja。
蘇拉威西島，舊時稱西里伯斯島“Celebes”，因而也稱蘇拉威西咖啡爲西里伯斯咖啡Celebes Coffee。
Toraja咖啡產自南蘇拉威西省 South Sulawesi 的塔納托拉加地區Tana Toraja，根據當地的人羣托拉加人命名。Tana Toraja大約位於省府望加錫 Makassar 北部約300公里，是印尼知名旅遊地。
最初蘇拉威西咖啡產業主要供應日本市場，日本商人在蘇拉威西島上建立了最初的咖啡產業。
傳統的咖啡處理方式爲溼刨，Giling Basah，wet-hulled。
此外，巴厘島、弗洛勒斯島、帝汶也是重要產區
