黏膜的附着力很強，並不容易去除，必須放在槽內約18-36小時，使其發醇，並分解黏膜。發酵的方法有兩種，即溼行發醇與乾式發醇，顧名思義，前者加水，後者不加水。發醇的過程中，種子和內部的果肉會產生特殊的變化，這是水洗法之中最影響咖啡風味的一個步驟。有些農場會添加熱水或醇素，以加快發醇的速度，這對質量會有負面的影響，並不受精選咖啡愛好者歡迎。經過水洗之後，這時，咖啡豆還包在內果皮裏，含水率達50%，必須加以乾燥，使含水率降到12%，否則他們將繼續發醇，變黴腐敗。較好的處理方法是使用陽光乾燥，雖然得費時1個-3個星期，不過，風味特佳，相當受到喜愛。另外，有些地方使用機器乾燥，大量縮短處理時間，使得風味不如陽光乾燥的咖啡。1，選豆：

將採收的果實放到裝水的水槽裏，成熟的果實會沉下去，而未熟和過熟的果實則會浮上來，可以加以剔除。

2，乾燥：

將篩選的成熟果實放在廣場上暴曬5-6日，直到充分乾燥爲止。這時，果實變的深褐色，含水率13%

3，脫殼：

乾燥之後的果皮變得易碎，容易脫落，便可用機器除去。企業化經營的農場通常自設脫殼工廠，小農莊則交由處理中心代爲加工

接着，使用架高的木框架或整片棚架來做日曬，這樣可以避掉豆子放在地上沾染雜味的風險。在曝曬過程中，要悉心的照看豆子，讓咖啡豆能均勻地曝曬失水;每隔三到五天，咖啡工人們會把瑕疵發黴的豆子以人工篩選剔除。因此到曝曬完成，豆子進場去果皮、肉之前，一片曬得豔麗深紅的咖啡櫻桃，已經是瑕疵很少的等級了

這種方法在巴西極爲常見。自然水洗法與水洗法極爲相似，不同之處在於自然水洗法是用高壓水洗機去除咖啡表層的粘膜的，從而跳過的發酵過程。巴西和哥倫比亞的數家咖啡生豆處理公司已將這種方法申請專利，併成爲了當地的自然水系加工發壟斷企業。這種方法的用水量遠低於水洗髮，因此有些人習慣稱之爲“半乾燥法(Semi-Dry)”。由於沒有經過發酵，咖啡豆並不存在(或僅存在極低的)發酵風險，咖啡的整體品質更加恆定。但不幸的是，咖啡由於沒有發酵，口味會趨於平淡。因此，種植者不會對超高品質的咖啡豆種使用自然水洗法。大部分生豆採購公司也很少購買經自然水洗法加工處理的咖啡哦度哥斯達黎加幾乎全部產區都在使用蜜處理法。這種方法也在整個中美洲廣爲流傳